Ύστερα από τις αρχαιρεσίες της 28ης Φεβρουαρίου 2009, και τη σχετική απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου που ακολούθησε, στα όργανα διοίκησης του Συνδέσμου μετέχουν:
Α. ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ:
- Πρόεδρος: Γεώργιος Στριλιγκάς
- Αντιπρόεδρος: Πρωτοπρεσβύτερος Ανδρέας Καλιοντζάκης
- Γενικός Γραμματέας: Αντώνιος Δουνδουλάκης
- Ταμίας: Νικόλαος Χριστοδουλάκης
Μέλη του Δ.Σ. - Συντονιστές των Επιστημονικών Επιτροπών:
- Εκκλησιαστικού Βίου: Πρεσβύτερος Εμμανουήλ Αντωνακάκης
- Παιδείας: Θεόδωρος Ρηγινιώτης
- Διορθόδοξης και Διαχριστιανικής Κοινωνίας: Ιωάννης Λίλης
- Ειρήνης και Κοινωνικών Ζητημάτων: Εμμανουήλ Φούσκης
- Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων: Μιχαήλ Τσακιράκης
Β. ΕΠΟΠΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ:
- Γεώργιος Φουκαδάκης
- Γεώργιος Παπουτσάκης
- Εμμανουήλ Ρουσάκης