Τα επιστημονικά συνέδρια του Παγκρήτιου Συνδέσμου Θεολόγων αποτελούν καθιερωμένο ετήσιο παγκρήτιο θεσμό με αναγνωρισμένη προσφορά στο θεολογικό χώρο και ευρύτερα την κοινωνία της Κρήτης.
Είναι σημαντικό ότι τα συνέδρια αυτά πραγματοποιούνται πάντοτε υπό την ευλογία του Οικουμενικού Πατριαρχείου, την έγκριση του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και την ευλογία της τοπικής Εκκλησίας. Από αυτή την άποψη αυτές οι συνεδριακές εκδηλώσεις είναι ένας αληθινός σύνδεσμος, ένας σταυρός ενότητας, ο οποίος στην κάθετη διάσταση αγκαλιάζει από τη Μητέρα Εκκλησία της Κωνσταντινούπολης μέχρι τον τελευταίο κληρικό ή λαϊκό θεολόγο της Κρήτης και στην οριζόντια διάσταση αγκαλιάζει ολόκληρο το νησί από τη μια άκρη μέχρι την άλλη.
Συνήθως, κάθε χρόνο το συνέδριο οργανώνεται υπό την αιγίδα μιας τοπικής Μητρόπολης, που αναλαμβάνει ολόκληρο το βάρος της φιλοξενίας των συνέδρων και των εργασιών. Το δύο τελευταία συνέδρια, του 2007 και του 2008, παρουσιάζουν μια ιδιαιτερότητα αφού πραγματοποιήθηκαν υπό την αιγίδα της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου Κρήτης, στην έδρα της. Το γεγονός αποτελεί μια ιδιαίτερη αναγνώριση των συνεδρίων και της προσφοράς του Παγκρήτιου Συνδέσμου Θεολόγων.
Η θεματολογία των συνεδρίων δεν είναι αυστηρά θεολογική αλλά έχει ευρύτερες διαστάσεις, με θέματα παιδαγωγικά, εκπαιδευτικά, ηθικά, κοινωνικά, κρητολογικά. Η προσφορά τους στην τοπική Εκκλησία και κοινωνία αλλά και στους εκπαιδευτικούς θεολόγους είναι μεγάλη, ενώ η απήχησή τους ξεπερνά τα όρια της Κρήτης.
Όποτε επέτρεψαν οι συνθήκες εκδόθηκαν και τα σχετικά πρακτικά. Στα δύο τελευταία χρόνια τα πρακτικά του συνεδρίου φιλοξενήθηκαν στο επίσημο δελτίο της Εκκλησίας Κρήτης, το περιοδικό «Απόστολος Τίτος».
Παρακάτω αναφέρονται κατά έτος, το θέμα και η έδρα διοργάνωσης των συνεδρίων στα τελευταία δεκαπέντε χρόνια:
1993: Το εμπερίστατο της Ορθοδοξίας και η αποστολή της στο άμεσο μέλλον (Σπήλι).
1994: Τα προβλήματα των νέων μας και η Ορθόδοξη αγωγή στη δευτεροβάθμια Εκπαίδευση (Ορθόδοξος Ακαδημία Κρήτης).
1996: Χριστιανισμός και Ευρώπη (Χανιά).
1997: Η Ορθοδοξία στη χιλιετία που φεύγει και στη χιλιετία που έρχεται (Ρέθυμνο).
1998: Η ελληνορθόδοξη παιδεία και αγωγή στην Ευρώπη της γ΄ χιλιετίας (Ιεράπετρα).
1999: Η Κρήτη χθες, σήμερα, αύριο (Σπήλι).
2000: Η ελληνική πολιτεία και Εκκλησία στην Ενωμένη Ευρώπη (Ηράκλειο).
2001: Θεολογία και Παπαδιαμάντης (Χανιά)
2002: Θεολογία και ποιμαντική της ετερότητας (Ορθόδοξος Ακαδημία Κρήτης)
2003: Χριστός και κόσμος (Ανάληψη Χερσονήσου)
2004: Εξουσία και διακονία στην Εκκλησία (Ηράκλειο, Αν. Εκκλ. Σχολή)
2005: Εκκλησία και εργασία (Ρέθυμνο)
2006: Η αγωγή των νέων: Θεολογική και κοινωνική προσέγγιση (Σπήλι)
2007: Η ζωή και το έργο του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου (Ηράκλειο)
2008: Παύλος, ο Απόστολος των Εθνών (Ηράκλειο)
2009: Η διαπολιτισμικότητα και ο ρόλος της θεολογίας (Σπήλι)
